Kancerogeneza (nazywana inaczej nowotworzeniem) to niezmiernie złożony proces prowadzący do powstania nowotworu. Jest długotrwałą sekwencją przemian promowaną przez zmiany genetyczne nabywane w czasie życia lub odziedziczone po rodzicach. Obecność zmian molekularnych może prowadzić do pojawienia się kolejnych, które stopniowo ulegają kumulacji. Ostatecznie – w wyniku uszkodzeń materiału genetycznego – dochodzi do transformacji nowotworowej, czyli nabycia przez komórkę cech nowotworowych.

Naukowcy nieustannie poszukują odpowiedzi na pytanie dlaczego nowotwory są tak powszechne i uniwersalne. Choroby nowotworowe dotyczą pacjentów niezależnie od pochodzenia etnicznego, płci, wieku, trybu życia. Jednocześnie, jak podkreślają badacze, każdy nowotwór jest unikalny i charakteryzuje się niepowtarzalnym zestawem zmian molekularnych w komórkach nowotworowych.

Wyniki badań ostatnich lat wykazały, że indywidualne różnice genetyczne obserwowane w komórkach nowotworowych są przyczyną zróżnicowania odpowiedzi pacjentów na leki przeciwnowotworowe. Obecnie dostępne są techniki badawcze, które umożliwiają szczegółową charakterystykę nowotworu (tzw. profilowanie molekularne), co daje możliwość dostosowania leczenia do każdego pacjenta.

Profilowanie molekularne nowotworów

Rozwój technologiczny umożliwił wykonywanie badań w zakresie profilowania molekularnego, dzięki którym realne stało się wskazanie zmian genetycznych (mutacji) jednocześnie w wielu genach oraz odnalezienie różnic molekularnych pomiędzy komórkami nowotworowymi a prawidłowymi.

Zidentyfikowanie mutacji (lub stwierdzenie jej braku), odnalezienie lub wykluczenie jakiejś cechy daje informację, że jedna terapia może działać lepiej niż inne. W konsekwencji, oczekiwany efekt terapeutyczny będzie znacznie bardziej korzystny po zastosowaniu wskazanego leku.

Profilowanie molekularne nowotworów wykorzystuje różnorodną metodykę w celu odnalezienia zmian i scharakteryzowania podstawowych cech komórek nowotworowych. Przykładami technologii wykorzystywanymi w profilowaniu molekularnym jest sekwencjonowanie nowej generacji (NGS), immunohistochemia (IHC), fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH), czy ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy (qPCR).

Biomarkery nowotworowe

Cechy analizowane podczas profilowania molekularnego nazywane są biomarkerami nowotworowymi. Biomarkery mogą się znacznie różnić nawet u pacjentów chorujących na ten sam typ nowotworu, a to z kolei związane jest z indywidualną i zróżnicowaną odpowiedzią na zastosowane leczenie.

Powszechnie znana jest różna skuteczność leczenia pacjentów, pomimo rozpoznania u nich tej samej choroby i stosowania identycznej terapii, dlatego tak ważne jest szczegółowe scharakteryzowanie nowotworu.

Biomarkery nowotworowe to biologiczne molekuły, np. geny lub białka występujące w tkance lub krwi, które są przejawem normalnego lub nieprawidłowego procesu lub też uwarunkowaniem choroby. Poszczególne biomarkery mogły ulec zmianie w procesie transformacji nowotworowej, mogą być wytwarzane przez sam guz lub może to być specyficzna odpowiedź organizmu na obecność nowotworu.

Biomarkery mogą informować o agresywności choroby, określać tendencję do tworzenia przerzutów, dostarczać istotnych klinicznie informacji prognostycznych oraz wskazywać na obecność lub brak cech związanych z oddziaływaniem leków. Ta właściwość jest niezmiernie ważna w praktyce klinicznej, ponieważ ukierunkowuje decyzje lekarza w zakresie terapii i bezpośrednio wskazuje na wrażliwość, oporność lub brak odpowiedzi pacjenta na określone metody leczenia.

Dzięki szczegółowej analizie biomarkerów nowotwory są często dzielone na podgrupy z określonymi zmianami molekularnymi, do których dostosowywane są terapie ukierunkowane ich występowaniem.

Warto podkreślić fakt, że leczenie oparte na uwarunkowaniach molekularnych jest efektywniejsze i często powoduje mniej skutków ubocznych, co znacząco podnosi jakość życia pacjentów w trakcie leczenia.

Reasumując, główny cel profilowania molekularnego polega na zgromadzeniu szeregu informacji, dzięki którym możliwe będzie ustalenie zindywidualizowanych, ukierunkowanych i najbardziej optymalnych metod terapeutycznych, w celu poprawy skuteczności leczenia.

Test oncoDEEP analiza biomarkerów

Medycyna precyzyjna

Profilowanie molekularne guza jest przykładem narzędzia diagnostycznego medycyny precyzyjnej, której głównym celem jest zrozumienie istotnych cech charakterystycznych danej choroby oraz dostosowanie najbardziej odpowiedniej terapii.

Szeroko rozumiana medycyna precyzyjna, nazywana także „medycyną personalizowaną”, wykorzystuje informacje o stylu życia, środowisku i biologii człowieka, aby zapobiegać chorobom, diagnozować je oraz skutecznie leczyć. Dynamicznie rozwijającą się częścią medycyny precyzyjnej jest onkologia personalizowana, którą w prostych słowach można określić jako: „właściwy lek dla właściwego pacjenta we właściwym czasie”.

Rozwój medycyny personalizowanej umożliwia zastosowanie leczenia mającego przynieść największą korzyść i zgodnego z indywidualnym profilem molekularnym.

W ostatnim dziesięcioleciu w onkologii nastąpiły istotne zmiany w sposobie leczenia pacjentów. Rezygnuje się z tradycyjnego podejścia do leczenia i stosowania podobnego standardu działania dla dużych grup pacjentów. Cały czas rośnie znaczenie onkologii personalizowanej, co w praktyce oznacza wydzielenie grup pacjentów o określonych cechach molekularnych lub komórkowych. Najczęściej są to zmiany w obrębie genów lub wzorcach ekspresji genów lub białek.

Profilowanie molekularne OncoDEEP

Obserwowany od wielu lat wzrost liczby zachorowań na nowotwory niesie konieczność stosowania nowych metod diagnostycznych, umożliwiających ustalenie leczenia o znacznie lepszej skuteczności.

OncoDEEP jest najbardziej rozbudowanym i wszechstronnym profilem molekularnym, pomocnym w określeniu najlepszego leczenia pacjentów z zaawansowanymi guzami litymi (np. raka piersi, jajnika, żołądka, jelita grubego, trzustki, płuc, czerniaka, etc.).

Zakres badań OncoDEEP obejmuje analizę wszystkich biomarkerów wymaganych do zakwalifikowania pacjenta do terapii celowanych i hormonoterapii, oszacowuje efektywność immunoterapii, a unikalną cechą tego profilu jest analiza biomarkerów chemioterapii. OncoDEEP wskazuje również potencjalne opcje badań klinicznych, do których pacjent może przystąpić.

Profilowanie molekularne OncoDEEP oparte jest na aktualnych doniesieniach naukowych i danych klinicznych. Wraz z pojawieniem się nowych opcji terapeutycznych związanych z koniecznością oznaczenia kolejnych biomarkerów, profil jest regularnie aktualizowany (zazwyczaj kilka razy w roku).

Ze względu na niepowtarzalność każdego nowotworu, ogromne znaczenie ma zbadanie jak największej liczby różnorodnych biomarkerów przynoszących informacje o działaniu i skuteczności różnych terapii. Badania wykazały, że bazując jedynie na wynikach sekwencjonowania genów (NGS), opcje terapeutyczne udało się odnaleźć dla 27% pacjentów. Połączenie technologii NGS z unikalnym oznaczeniem biomarkerów białkowych (IHC) pozwala na wskazanie opcji leczenia dla aż 92% pacjentów onkologicznych [1].

Profil OncoDEEP jest przeznaczony dla pacjentów z guzami litymi w III lub IV stopniu zaawansowania, jak również w przypadku zdiagnozowania glejaka u starszych dzieci. Materiałem do badań jest tkanka nowotworowa (bloczek parafinowy z pooperacyjnymi fragmentami tkanki lub pochodzącymi z biopsji).

Badanie OncoDEEP może być wykonywane na początku leczenia, po diagnozie – aby ustalić pierwszą terapię opartą na badaniach molekularnych oraz jako pomoc w odnalezieniu najlepszych opcji leczenia w przypadku progresji choroby, gdy dotychczasowe leczenie nie przyniosło oczekiwanych efektów klinicznych lub procedury leczenia zostały wyczerpane.

Badanie OncoDEEP – zakres i korzyści

Badanie OncoDEEP posiada istotną wartość w poszukiwaniu terapii dla nowotworów rzadkich, agresywnych i o nieustalonym pochodzeniu pierwotnym (CUP), gdzie brakuje ustalonych standardów leczenia. Unikatową cechą OncoDEEP jest zróżnicowany pakiet badań IHC dla każdego typu nowotworu, oceniający między innymi działanie chemioterapii, niektórych terapii celowanych i immunoterapii, zgodny z danymi literaturowymi i klinicznymi.

Po ostatniej aktualizacji w maju 2021 roku OncoDEEP obejmuje badania zmian genomowych (DNA, RNA) i sygnatur genomowych, do których należy niestabilność mikrosatelitara (MSI) i obciążenie mutacjami guza (TMB) – niezmiernie ważnych w ocenie działania terapii celowanych i immunoterapii.

W tym samym profilu, bez konieczności wykonywania dodatkowych badań, wprowadzono analizę parametrów niedoboru rekombinacji homologicznej (HRD), wskazujących na możliwość leczenia inhibitorami PARP. Zmiany dotyczą również podwojenia liczby sekwencjonowanych genów, których obecnie w ramach profilowania OncoDEEP badanych jest 638.

Czas wykonania profilowania wynosi ok. 10 dni roboczych. Po zakończeniu badania generowany jest Raport OncoDEEP dostępny dla lekarza i pacjenta, zawierający najważniejsze informacje – wykaz i opis odnalezionych zmian o znaczeniu klinicznym oraz listy leków z zakresu terapii celowanych, hormonalnych, chemioterapii i immunoterapii.

Listy leków podzielone są według oszacowanego działania: na leki o potencjalnym działaniu klinicznym oraz leki, które prawdopodobnie nie przyniosą efektów klinicznych (co jest niezmiernie ważną informacją, bo pozwala na uniknięcie ich stosowania i nienarażanie pacjenta na skutki uboczne ich działania). Czasami pojawiają się również informacje o lekach o działaniu toksycznym, które ze względu na uwarunkowania molekularne nie powinny być podawane pacjentowi oraz leki o nieznanym działaniu – najczęściej znajdujące się w badaniach klinicznych.

Jeżeli zostały odnalezione badania kliniczne dla pacjenta, ich lista również jest wyszczególniona w Raporcie. Raport OncoDEEP stanowi ważną pomoc dla lekarza onkologa i na jego podstawie lekarz może podejmować decyzje terapeutyczne oparte na badaniach molekularnych.

Profilowanie molekularne OncoDEEP jest dostępne dla pacjentów polskich na zasadach komercyjnych, a wszystkie dodatkowe szczegóły i dane kontaktowe można odnaleźć na stronie www.oncohelp.pl.

Materiał jest wysyłany do Belgii do firmy OncoDNA, a następnie w akredytowanych laboratoriach Instytutu Patologii i Genetyki (IPG) wykonywane są wszystkie badania. Wyniki analiz są opracowywane przez bioinformatyków oraz specjalistów naukowych i medycznych OncoDNA. Na końcu generowany jest kompletny Raport OncoDEEP.

Warto wspomnieć, że innymi dostępnymi profilami molekularnymi są OncoSELECT i OncoFOLLOW, które mają zastosowanie w poszukiwaniu opcji terapeutycznych oraz monitorowaniu skuteczności terapii w płynnej biopsji (krwi).

Podsumowanie

Medycyna i onkologia precyzyjna zmieniły diagnostykę oraz sposób leczenia pacjentów onkologicznych. Zarówno nowotwory często występujące, jak i tzw. rzadkie nowotwory mogą być celem określonych terapii, pozwalających na poprawę wyników klinicznych.

Profilowanie molekularne OncoDEEP umożliwia indywidualną charakterystykę nowotworu. Na jej podstawie lekarz onkolog może dobrać najlepszą dostępną terapię, co pozwala na uniknięcie stosowania mało efektywnych leków, oraz terapii wywołujących poważne skutki uboczne. Leczenie dostosowane do charakterystyki molekularnej danego nowotworu zazwyczaj jest bezpieczniejsze.

Istnieje wiele dowodów na ścisły związek pomiędzy indywidualnym doborem terapii i zwiększeniem skuteczności leczenia. W niedalekiej przyszłości należy spodziewać się dalszego rozwoju onkologii personalizowanej oraz doskonalenia dostępnych metod diagnostyki molekularnej, umożliwiającej indywidualny dobór terapii.

źródła:
[1] Laes J-F, et al., Oncotarget. 2018;9:20282-20293
www.oncohelp.pl